مشکل اصلی قانون مالیاتهای مستقیم و نیز لایحه اصلاح این قانون، نادرست بودن روشهای اجرای آن و وجود بیعدالتی در اجرای آن است. برای نمونه، طبق ماده 129 لایحه، اگر جمع درآمدهای یک شخص حقیقی به عدد مشخص برسد، حتی اگر این درآمدها در بسیاری موارد از معافیتهای مالیاتی کسب شده باشد، مشمول مالیات است. مشکل بزرگ این لایحه، رویههای مالیاتی است. مشکل دیگر این است که اگر مالیات بنا باشد به جای نفت در بودجه جای بگیرد، باید توجه داشته باشیم که فقط 30 درصد بودجه از مالیات تامین میشود؛ پس مالیاتی که از مردم گرفته میشود، باید سه برابر شود تا جای نفت را بگیرد. اما تا همین حالا هم از کسانی که دولت میتوانسته مالیات بگیرد، مالیات را گرفته است. پس با گرفتن مالیات از چه کسانی، باید میزان مالیات به سه برابر میزان فعلی افزایش پیدا کند؟ میزان مالیات حقوقبگیران رقمی مشخص است که اصلا نمیتواند افزایش پیدا کند. از سوی دیگر، به دلیل سهم زیاد اقتصاد زیرزمینی و نامشخص در کشور، افزایش بیشتر مالیات بر ارزش افزوده نیز بسیار مشکل خواهد بود. بنابراین میتوان گفت که افزایش میزان مالیات به سه برابر فعلی، فشار بیش از حد تحملی به صنایع وارد خواهد کرد و حتی میتوان گفت که این میزان افزایش غیر ممکن است.
در حال حاضر، مالیات از بخش شفاف اقتصاد گرفته میشود یعنی از کسانی که دارای کارت بازرگانی هستند، اظهارنامه به سازمان امور مالیاتی میدهند و حقوقبگیران. اما اقتصاد زیرزمینی کشور مالیات نمیدهد و بسیاری از شرکتهای توزیعی کشور اصلا مالیات پرداخت نمیکنند. در حقیقت، بخش تولید و حقوقبگیران تنها کسانی هستند که دولت میتواند به آنها فشار وارد کند و مالیات از آنها بگیرد ولی در دیگر بخشها، اگر مالیاتی هم پرداخت نشود، دولت اصلا اطلاعات اقتصادی و پرونده مشخصی از آنها ندارد که بتواند فشار مالیاتی وارد آورد.